Lucy est une diclonius, une créature extraterrestre dotée d'une capacité unique. Elle est gardée captive dans un laboratoire de haute sécurité où elle subit des expérimentations. Cependant, suite à un accident, elle réussit à s'échapper en utilisant ses vecteurs, de puissantes lames invisibles attachées à son corps. À l'extérieur, elle se retrouve confrontée à une foule de personnes sur son chemin qu'elle abat froidement. Mais elle est finalement touchée par une balle de sniper d'un garde de sécurité qui la fait tomber dans la mer. Le lendemain, Kouta, de retour dans sa ville natale, rencontre sa cousine Yuka, qu'il n'avait pas vue depuis un certain temps. Ils se rendent ensemble à la plage, où ils avaient l'habitude de jouer enfants avec la petite sœur de Kouta, décédée d'une maladie. Ils y rencontrent une mystérieuse jeune fille amnésique qu'ils décident de ramener chez eux, lui donnant le nom de Nyu, le seul mot qu'elle parvient à prononcer. Cependant, l'Unité d'Assaut Spécial (S.A.T.) est aux trousses de Lucy après son évasion. Elle se rend compte que Lucy se cache sous l'identité de Nyu, et que le danger est imminent. Alors que la situation s'aggrave, Kouta et Yuka sont pris au piège dans le conflit entre la S.A.T. et Lucy. - Bon visionnage !