Les académies de la ville sont divisées en leurs propres quartiers et sont considérées comme pour la plupart indépendantes. Le Conseil général des étudiants fait office de conseil d'administration pour gérer les académies dans leur ensemble. Cependant, la capacité du groupe à gouverner s'est arrêtée depuis la mystérieuse disparition du président du Conseil général des étudiants. D'innombrables problèmes ont commencé à faire surface dans tout Kivotos en l'absence de la direction du président. Pour éviter un désastre, le Conseil général des étudiants demande l'aide du Federal Investigation Club, également connu sous le nom de Schale. En fait, Schale est le club le plus récent de la ville et le dernier à être approuvé avant la disparition du président. Pour accomplir sa tâche, Schale s'appuie sur les conseils d'un Sensei qui peut les aider à résoudre les incidents autour de Kivotos. (Les étudiants doivent porter des armes personnelles et des téléphones intelligents! Goûtez à l’action militaire, à l’amour et à l’amitié que l’Academy City a à offrir !) (Source : Site Web officiel de Blue Archive en anglais)